Są to preparaty przywracające prawidłowy skład flory jelitowej. Środki te zawierają najczęściej pałeczki kwasu mlekowego Lactobacillus, które pomagają przywrócić i utrzymać optymalny skład flory bakteryjnej jelit. W związku z tym znajdują one zastosowanie w leczeniu biegunek zarówno infekcyjnych, poantybiotykowych, jak i występujących w czasie podróży. Dodatkowo chronią przed powstaniem grzybicy lub drożdżycy przewodu pokarmowego podczas stosowania kuracji antybiotykami i sulfonamidami. W tej grupie jest też lek z grupy probiotyków, zawierający czyste kultury niepatogennych drożdży Saccharomyces boulardii. Jego zastosowanie to ostre biegunki bakteryjne i wirusowe, przebiegające bez występowania krwi w kale i bez znacznego odczynu ogólnego, jako dodatek do nawadniania, po antybiotykoterapii.